Die Anfänge der Stadt liegen im Dunkeln. Bei Tiefgrabungen fanden sich einfache Hütten. Aus späterer Zeit stammen Objekte mit den Namen der napatanischen Könige Aspelta und Senkamanisken, die andeuten, dass die Stadt schon früh von einiger Bedeutung war. In dieser Zeit wurden auf den Friedhöfen auch schon hochrangige Mitglieder der Königsfamilie, zum Beispiel die Königin Mernua, begraben. Von Arikamaninote, unter dem die Stadt zuerst textlich belegt ist, wissen wir, dass der König in Meroe residierte und nur zur Krönung nach Napata reiste und dort auch begraben wurde. Seit Ergamenes wurden die Könige auch in Meroe begraben und errichteten hier ihre Pyramiden. In der meroitischen Periode wurden über 40 Königinnen und Könige in Meroe beerdigt. Bis an den Beginn des 4. nachchristlichen Jahrhunderts blieb Meroe Hauptstadt des Reiches. Das Ende der Stadt ist nicht genau bekannt. Während die frühere Forschung davon ausging, dass die Stadt mit dem Reich von Kusch unterging, so gibt es heute Anzeichen, dass sie noch einige Zeit weiterbestand und eventuell der Sitz eines Kleinkönigtums war. Im 4. Jahrhundert wurde die Stadt auch von den Aksumiten erobert, doch richteten diese wohl keine längere Herrschaft ein. ^[1]